1. Hotels and pousadas

With prices on the website:

Curicaca Wildlife Refuge (Pantanal de Poconé)
Hotel SESC Porto Cercado (Pantanal de Poconé)
Pantanal Mato Grosso Hotel (Pantanal de Poconé)

Without prices on the website:

Fazenda Baia Grande (Pantanal de Miranda)
Fazenda Barranco Alto (Pantanal de Nhecolândia)
Fazenda Cacimba de Pedra (Pantanal de Miranda)
Fazenda Quatro Cantos (Pantanal de Nhecolândia)
Fazenda Santa Cruz (Pantanal de Aquidauana)
Fazenda São Francisco (Pantanal de Miranda)
Fazenda Santa Sophia (Pantanal de Nhecolândia)
Fazenda 23 de março (Pantanal de Miranda)
Hotel Fazenda Baia das Pedras (Pantanal de Aquidauana)
Jaguar Research Center (Pantanal de Poconé)
Pantanal Wildlife Center (Pantanal de Poconé)
Passo do Lontra Parque Hotel (Pantanal do Abobral)
Pousada Aguapé (Pantanal de Aquidauana)
Pousada Águas do Pantanal Inn (Pantanal de Miranda)
Pousada Araras Lodge (Pantanal de Poconé)
Pousada Baguari (Pantanal de Barão de Melgaço)
Pousada Campo Lourdes (Pantanal do Rio Negro)
Pousada Canto do Arancuã (Pantanal de Poconé)
Pousada dos Monteiros (Pantanal de Nhecolândia)
Pousada Mangabal (Pantanal de Nhecolândia)
Pousada Pequi (Pantanal de Aquidauana)
Pousada Piuval (Pantanal de Poconé)
Pousada Pouso Alegre (Pantanal do Poconé)
Pousada Refúgio da Ilha (Pantanal de Miranda)
Pousada Rio Claro (Pantanal de Poconé)
Pousada Rio Mutum (Pantanal de Barão de Melgaço)
Pousada Santa Clara (Pantanal do Abobral)
Pousada São João Ecotur (Pantanal do Abobral)
Recanto Barra Mansa (Pantanal de Aquidauana)
Refúgio Ecológico Caiman (Pantanal de Miranda)

1. Hotels and pousadas

With prices on the website:

Hotel Cabanas [reviews in Trip Advisor]
Hotel Calliandra
Hotel Fazenda Cachoeira
Hotel Jandiá
Hotel Lago Azul
Hotel Marruá [reviews in Trip Advisor]
Hotel Paraíso das Águas
Hotel Pousada Arizona
Hotel Pousada Bonsai [reviews in Trip Advisor]
Hotel Praia Parque
Hotel Refúgio
Hotel Santa Esmeralda
Hotel Tapera
La Paloma Residence
Pousada Canto do Bambu
Pousada Caramanchão [reviews in Trip Advisor]
Pousada Carandá
Pousada Di Luna
Pousada do Peralta
Pousada Girasol
Pousada Guarany
Pousada Jubaia
Pousada Moinho de Vento [reviews in Trip Advisor]
Pousada Muito Bonito
Pousada Olho d’Água
Pousada Paraíso
Pousada Rancho Jarinu
Pousada Recanto dos Pássaros
Pousada Remanso
Pousada Rosa Rosê
Pousada Segredo
Pousada Surucuá
Pousada Villa Verde [Facebook] [reviews in Trip Advisor]

Without prices on the website:

Chalé Apart Hotel
Excel Park Hotel
Hotel Arauna
Hotel Fazenda Cabana do Pescador
Hotel Fazenda Rio Formoso
Hotel Pirá Miúna [reviews in Trip Advisor]
Hotel Pousada Águas de Bonito [reviews in Trip Advisor]
Hotel Wetiga [reviews in Trip Advisor]
Ilha Bonita
Pousada Água Azul
Pousada Céu de Estrelas
Pousada São Jorge
Pousada Sonho Meu [reviews in Trip Advisor]
Zagaia Eco Resort [reviews in Trip Advisor]

2. Youth hostels

With prices on the website:

Bonito HI Hostel [Twitter] [Facebook] [reviews in Trip Advisor]

3. Campsites

With prices on the website:

Balneário e Camping do Gordo

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On the Brazil Travel Blog there is an entry with useful travel information on Bonito. Check it out.